Уже месяц в пробах, которые доставляются в НИИ дезинфектологии Роспотребнадзора из всех регионов России, наблюдается одинаковое соотношение штаммов "дельта" и "омикрон". Об этом в интервью "Газете.Ru" рассказала главный научный сотрудник НИИ дезинфектологии Роспотребнадзора, член-корреспондент РАН Елена Ильина.
Она объяснила, почему кислородотерапия способствует развитию госпитальной пневмонии, и оценила эффективность препаратов от COVID-19.- Елена Николаевна, вы работаете в НИИ дезинфектологии Роспотребнадзора и занимаетесь прочтением геномов коронавирусов, которые циркулируют в данный момент. Сколько сейчас секвенируется образцов вируса в неделю, месяц?
- Мы вышли на мощность 2 тыс. геномов в неделю. И таких организаций, которые активно секвенируют, достаточно много. Поэтому сейчас в российской базе уже около 14 тыс. геномов "омикрона", а всего образцов коронавируса около 90 тыс. Мы видим как "омикроны" линии ВА.1, так и небольшое количество ВА.2. Образцы приходят со всех регионов.
Поэтому нельзя сказать, что по России "идет волна". Это, скорее, общая вспышка, со всех сторон примерно одинаковая. Я ожидала увидеть какую-то разницу между Москвой и удаленными регионами, но оказалось, что ее нет.
- Как меняется соотношение количества образцов с "омикроном" и "дельтой", если взять прошедшие полтора месяца?
- Когда мы уходили на новогодние каникулы, у нас была повсеместная "дельта". Когда мы вернулись с новогодних каникул, то увидели повсеместное доминирование "омикрона". Но "дельта" не ушла полностью, она осталась.
И соотношение между "дельтой" и "омикроном" примерно одинаково во всех регионах на протяжении целого месяца после новогодних каникул.- Получается, "омикрон" не вытесняет "дельту"?
- До конца он ее не вытеснил. Мы видим примерно 70%-80% "омикрона" и примерно 20% "дельты". Уже месяц соотношение "омикрона" и "дельты" в популяции остается одинаковым. Нельзя сказать, что "дельта" уходит.
- Сколько отсеквенированных вами "омикронов" принадлежит линии ВА.1?
- Примерно 95%. И 5% - это вторая линия. Третью мы не находили.
- И количество "омикронов" второй линии тоже остается одинаковым? Нельзя сделать вывод, что ВА.2-"омикрон" более заразен? - Пока нельзя. Мы видим генетические отличия, но присутствие BA.2 не нарастает. И по клинике вторая линия особо не отличается.
- Некоторое время назад была публикация кипрских ученых, которые обнаружили рекомбинант "дельтакрон". Вы наблюдали таких мутантов?
- Действительно, такая публикация была, но вскоре после ее выхода появились комментарии о том, что это могла быть контаминация (загрязнение). Поскольку мы наблюдаем одновременную циркуляцию "омикрона" и "дельты", я думаю, что ученые действительно могли принять смешанную популяцию за рекомбинант.
"Омикрон" и "дельта" отстоят друг от друга достаточно далеко. По своему происхождению это параллельные линии.
С учетом того, что появилась всего лишь одна научная публикация и больше вопрос существования "дельтакрона" не поднимался, скорее всего, это ошибка.
- Вы получаете вирусы для секвенирования из мазков?
- Да, исключительно назофарингеальные мазки. Они собираются в разных регионах России от пациентов. Потом на месте их тестируют, отвечая на вопрос: действительно ли эти мазки содержат целевой вирус - в данном случае коронавирус? Потом уже пробы доставляют нам специальными транспортными компаниями для углубленного тестирования.
- Сколько проб помещается в секвенатор, если иметь в виду одну партию? Сколько по времени происходит секвенирование?
- Как правило, мы загружаем порядка 400-600 проб каждый день. Так как у нас довольно мощный секвенатор PromethION Oxford Nanopore, мы работаем на третьем поколении, то он эти 600 образцов читает часов 8-9. Ночью читает, утром снимаем, и следующая загрузка. В нем 24 ячейки, в каждую умещается по 96 образцов.
- Вы их секвенируете, а что дальше?
- Дальше мы все геномные сиквенсы закладываем в российскую базу VGARus. Она функционирует в Роспотребнадзоре с июня 2021года. Эта база постоянно заполняется, ее данные можно анализировать, смотреть какие-то закономерности по изменчивости вируса. Туда же подгружаются данные по пациентам.
- Вы изучали микробиомы, поэтому вас особенно хочется расспросить о пневмонии, которая часто следует за заражением SARS-CoV-2. Одни врачи говорят, что при COVID-19 нередко к вирусной присоединяется бактериальная пневмония. Другие врачи, наоборот, считают, что присоединение такого рода происходит не часто и поэтому не прописывают антибиотики. Что наблюдаете вы?
- Стоит различать вирусный пневмонит (или альвеолит) и собственно пневмонию - воспаление, вызванное бактериальной инфекцией. В тяжелых случаях бактериальная инфекция присоединяется к этому самому пневмониту или альвеолиту. То есть та пневмония, которая является осложнением коронавирусной инфекции, – это уже не вирусная пневмония. Она всегда бактериальная.
- А какие бактерии присоединяются обычно?
- Те же самые бактерии, которые традиционно вызывают госпитальную пневмонию. Этот список во всем мире примерно одинаков. Это, как правило, Acinetobacter - разные, преимущественно Acinetobacter baumannii, синегнойная палочка, Pseudomonas aeruginosa, это Klebsiella pneumoniae, стафилококки. Большинство этих возбудителей произошли от почвенных бактерий, от которых они сохранили способность выживать в местах общего пользования, на унитазах, на раковинах, на других поверхностях. Часто присоединению бактериальной госпитальной инфекции способствует кислородотерапия.
-Почему это происходит?
- Как только вы включаете любую принудительную вентиляцию легких, а подача кислорода – это принудительная вентиляция, вы способствуете обмену бактериальной флорой между верхними и нижними дыхательными путями.
Во рту и носу человека всегда много бактерий. Но слизистая выполняет барьерную функцию, она абсорбирует на себя микроорганизмы в нормальном состоянии. При использовании кислородотерапии вы волей-неволей потоком воздуха заносите бактерии и носа, и рта в трахею и легкие.
- Как быстро коронавирусы вырабатывают устойчивость к препаратам на основе моноклональных антител?
- Это препараты направленного действия. В этом их плюс и минус. Моноклональные антитела подбираются к определенному типу вируса. И поэтому совершенно не факт, что моноклональные антитела, которые прекрасно работают, например, против штамма "дельта", будут работать против "омикрона". Проблема моноклональных антител именно в этом - они очень специфичны.
Свежие комментарии